コンテンツ管理 ＞ ページ管理 → ページ編集で、twigファイルを編集またはmeta設定を行い「登録」すると、新しいtwigファイルが生成され、それが優先的に表示されます。

■src/Eccube/Resource/template/default ← 元のファイル
■app/template/default ← 新しく生成されるファイル（こちらが優先されて表示）

この場合、■src内のファイルをいくら編集してもサイトには反映されません。
■app内のファイルを編集しなければサイトには反映されないので、現行サイトの■app/template/default内のファイルも一緒に送って頂くことになります。
さらに、
twigファイルを編集しFTPでアップロードした後は、管理画面のコンテンツ管理 ＞ キャッシュ管理 で「キャッシュ削除」を行わないと反映されません。

twigファイルは、テンプレート一覧の「保存先フォルダ」に保存されているので、「保存先フォルダ」内のファイルを送って頂くことになります。
■app/template/[保存先フォルダ]

cssファイルや画像、JavaScriptもまた独自テンプレート用のファイルが必要です。
■html/template/[保存先フォルダ] （新規のカスタマイズファイルもここに保存）

さらに、
twigファイルを編集しFTPでアップロードした後は、管理画面のコンテンツ管理 ＞ キャッシュ管理 で「キャッシュ削除」を行わないと反映されません。